Как подать заявление о мошенничестве на сотрудника фирмы, который заключил договор от имени компании и не передал его в руководство?

Да вы можете обращаться в полицию с заявлением, о том что у вас обманом разводом на деньги кинули.

Можете, но всего скорее сошлются на гпо

Зависит от того, почему Вы заключили этот договор, кто был составителем этого договора, кто был инициатором заключения такого договора и т.д. Формально тут могут быть усмотрены признаки мошенничества, если будет достоверно установлено, что данный сотрудник получил денежные средства путём обмана/злоупотребления доверием, и полученными денежными средствами распорядился по своему усмотрению. Так что шансы есть.

Вы можете подать заявление в полицию, но правильнее будет, при таких обстоятельствах («…сотрудник фирмы … заключил со мной договор от имени фирмы … …взял предоплату по договору и исчез) действия «сотрудника фирмы» квалифицировать по ч.1 или ч.3 ст.160. Уголовного кодекса РФ (присвоение).

К сведению: "Уголовный кодекс Российской Федерации" от 13.06.1996 N 63-ФЗ (ред. от 25.12.2023) (с изм. и доп., вступ. В силу с 30.12.2023)

Статья 160. Присвоение или растрата

1. Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, - наказываются штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до шести месяцев, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

3. Те же деяния, совершенные лицом с использованием своего служебного положения, а равно в крупном размере, -

наказываются штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет с ограничением свободы на срок до полутора лет или без такового, либо лишением свободы на срок до шести лет со штрафом в размере до десяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного месяца либо без такового и с ограничением свободы на срок до полутора лет либо без такового.

P.S. Часть 3 ст.160 может быть применена, если размер предоплаты по договору составлял крупный размер, т.е. двести пятьдесят тысяч рублей.