Налоговая требует оплатить налог - в чем причина и как быть?

"Ипотека так же погашена в июне 2023" - право собственности, полагаю, возникло после погашения ипотеки? В июне 2023?

Ну так 5 лет не прошло же. То что вы купили новую квартиру это не освобождает от налога. А лишь одно из 5 условий. Если покупали за 2 млн, продали за 3, то с 1 млн налог 13%. Это при условии, что вы декларацию подавали и прикладывали 2 договора купли-продажи

Доходы семей с двумя и более несовершеннолетними детьми, полученные от продажи жилья начиная с 2021 года, освобождаются от обложения НДФЛ независимо от срока нахождения такого жилья в собственности. Такой порядок применяется при соблюдении ряда условий:

до 30 апреля следующего года налогоплательщиком (членами его семьи) приобретено в собственность другое жилье, а в случае долевого строительства – оплачена полная стоимость приобретаемого жилого помещения по договору;

общая площадь приобретенного жилья превышает по площади или размеру кадастровой стоимости проданное имущество;

возраст детей до 18 лет (или до 24 лет при обучении ребенка очно);

кадастровая стоимость проданного жилого помещения не превышает 50 млн рублей;

налогоплательщику или членам его семьи на дату отчуждения проданного жилья не принадлежит в совокупности более 50% в праве собственности на иное жилое помещение с общей площадью, превышающей общую площадь купленного взамен старого жилого помещения.