И сколько стоит сделать паспорт как говориться через знакомых примерно..?

Уважаемый Алексей, в Вашей истории всё очень плохо. Если Вы самовольно покинули в/ч, то в отношении Вас следователь прокуратуры должен был возбудить уголовное дело по статье о дезертирстве, и объявить розыск. Когда Вы обратитесь в паспортный стол за получением паспорта, работники милиции обязаны будут проверить Вашу личность, в том числе и по оперативным учётам. Там сразу станет известно об объявленном в отношении Вас розыске. И всё! Расследование по делу возобновят, Вас будут привлекать к уголовной ответственности. Уголовное дело не может быть прекращено за истечением сроков давности, т.к. Вы скрывались от следствия, а на этот период течение сроков давности прерывается ( ч.3 ст.78 УК РФ). Хотя за тот период, что Вы скрывались, вышло несколько амнистий ( в 1997, 1998, 2000 г.г.), возможно, дело и прекратили на основании них (я об этом сказать не могу, т.к. не знаю статей, по которым было возбуждено дело). Узнать об этом можно у органа, расследовавшего Ваше уголовное дело.

О том, сколько стоит сделать паспорт через знакомых, я не знаю.

Выбирать, конечно, Вам, но мой совет - обратитесь в органы с явкой с повинной. Это будет существенное смягчающее обстоятельство для Вас, а ко Дню Победы выйдет ещё одна амнистия. Возможно, Вас и освободят от наказания. Ну нельзя же вечно бегать и скрываться. Желаю удачи!