Нужно ли восстанавливать НДС и в какой сумме при гарантийном ремонте оборудования?

В вашем случае ситуация довольно сложная, и налоговые последствия зависят от ряда факторов. Разберём детали:

Восстановление НДС

Обязанность по восстановлению НДС регулируется п. 3 ст. 170 Налогового кодекса РФ. Восстановить НДС нужно в следующих случаях:

Если товар (или его часть, например, запчасть) выбывает из состава основных средств или используется для операций, не облагаемых НДС.

Если приобретаемая запчасть для ремонта передаётся на безвозмездной основе.

Однако в вашем случае оборудование находится на гарантийном обслуживании, а расходы на ремонт (включая покупку запчастей) компенсируются иностранным контрагентом. Это важно, потому что передача запчасти иностранцу не рассматривается как передача на безвозмездной основе, а ремонт является частью гарантийных обязательств.

Запчасть в составе оборудования

Если запчасть изначально была учтена в составе стоимости оборудования (и её стоимость в инвойсе не выделена отдельно), вы не выделяли и не принимали НДС к вычету по этой запчасти. Следовательно:

Восстанавливать НДС по самой запчасти (снятой с оборудования) не нужно.

Запчасть, приобретённая у российского контрагента

Вы купили запчасть у российского поставщика и, скорее всего, приняли НДС по ней к вычету. Если вы перевыставляете иностранному контрагенту затраты (включая НДС), передача запчасти может рассматриваться как реализация. В таком случае:

НДС по приобретённой запчасти восстанавливать не нужно, но необходимо начислить НДС с перевыставленной суммы, так как это операция по реализации на территории РФ.

Услуги по ремонту

Услуги по ремонту, как правило, облагаются НДС, и если вы перевыставляете их иностранному контрагенту, то НДС с этой суммы также нужно начислить.

Отправка некачественной запчасти иностранцу

Передача некачественной запчасти на экспорт рассматривается как операция, не подлежащая налогообложению НДС (п. 1 ст. 146 НК РФ), если выполняются требования по документальному подтверждению экспорта. Если документы на экспорт отсутствуют, может потребоваться начисление НДС.

Итог:

Восстанавливать НДС по снятой запчасти не требуется.

По запчасти, купленной у российского поставщика, НДС к восстановлению не подлежит, но необходимо начислить НДС с перевыставленной иностранцу суммы.

Услуги по ремонту облагаются НДС, который также нужно начислить при выставлении счёта иностранцу.

Отправку некачественной запчасти иностранцу следует оформить как экспорт, чтобы избежать начисления НДС.

Дополнительно проверьте документы и уточните детали с бухгалтером.

В продолжение вопроса: некоторые з/части нам иностранный контрагент прислал для замены как безвозмездную поставку, цена указана только для таможенных целей, снятые з/части отправляться не будут, а будут оприходованы у нас как м/лом. Должны ли мы из стоимости оборудования вычленить стоимость неисправных з/частей и по какой стоимости, можем ли мы за основу взять стоимость из инвойса на новые (безвозмездные)? И куда списать полученные з/части, на текущий ремонт или на формирование стоимости ОС?