Нарушения при получении зарплаты и увольнении - как защитить свои права в такой ситуации?

Как быть в такой ситуации. Я из Костромы, работал начальником склада в оптовой компании в городе Ярославль (главный офис компании в Москве). В апреле этого года при получении зарплаты с меня удержали сумму в размере 8890, якобы удержание недостачи по результатам инвентаризации, но в этой организации ревизия не проводится официально (нет приказов о проведении инвентаризации, нет сличительных ведомостей), я под результатами ревизий не расписывался...

После удержания данной суммы, я написал заявление об увольнении, честно отработал две недели. 8 мая мне выдали только трудовую книжку (справку о среднем заработке и справку 2 НДФЛ мне не выдали). 15 мая на карту пришла белая зарплата в размере 4500. Черную зарплату в этой организации выдают 25 числа, но 25 мая мне ответили, что деньги я получу только после проведения инвентаризации на складе (сроки ее постоянно сдвигаются). Да и сейчас, когда прошел уже месяц с момента моего увольнения можно нарисовать любую недостачу.

Хотелось бы получить полный расчет по неофициальной части, компенсацию за отпуск, без левых удержаний. Из документов у меня есть расчетная ведомость по заработной плате за март 2013 с подписями сотрудников склада. Так же есть свидетели из числа уволившихся сотрудников.

Куда я могу обратиться с данным вопросом? И в каком городе в моем случае это можно сделать?