Как оформить права на колодец и защитить доступ к нему при соседских угрозах

Судя по тексту - устанавливать сервитут.

ГК РФ.

"Статья 274. Право ограниченного пользования чужим земельным участком (сервитут)

1. Собственник недвижимого имущества (земельного участка, другой недвижимости) вправе требовать от собственника соседнего земельного участка, а в необходимых случаях и от собственника другого земельного участка (соседнего участка) предоставления права ограниченного пользования соседним участком (сервитута).

Сервитут может устанавливаться для обеспечения прохода и проезда через соседний земельный участок, прокладки и эксплуатации линий электропередачи, связи и трубопроводов, обеспечения водоснабжения и мелиорации, а также других нужд собственника недвижимого имущества, которые не могут быть обеспечены без установления сервитута.

2. Обременение земельного участка сервитутом не лишает собственника участка прав владения, пользования и распоряжения этим участком.

3. Сервитут устанавливается по соглашению между лицом, требующим установления сервитута, и собственником соседнего участка и подлежит регистрации в порядке, установленном для регистрации прав на недвижимое имущество. В случае недостижения соглашения об установлении или условиях сервитута спор разрешается судом по иску лица, требующего установления сервитута".

Какой самозахват? Вы же пишете не о присоединении, а просто о прекращении доступа за счет строительства на своей земле (подразумевается, а иначе с чего он собирается без разрешения строить на чужой земле свое сооружение?) к определенному месту. Именно поэтому и сервитут.