На следующий день заметил что вин номер кузова в ржавчине, дублирующие отсутствуют

Это возможно, если препятствует постановке автомобиля на учет в ГИБДД и использованию его по назначению.

Здравствуйте. Можете вернуть. Для начала нужно написать подробную претензию продавцу. Так как у автомобиля существенные недостатки. Напишите на этом сайте юристу в личное сообщение, для оказания вам помощи. Отказ в возврате денег причинит вам убытки, а это запрещает закон:

ГК РФ Статья 15. Возмещение убытков

1. Лицо, право которого нарушено, может требовать полного возмещения причиненных ему убытков, если законом или договором не предусмотрено возмещение убытков в меньшем размере.

Можете требовать расторжения договора, если вам откажут в рег действии.

В гибдд машину просто могут забрать на экспертизу, как быть?

Здравствуйте. Кроме этого претензий к автомобилю нет? Если откажут в регистрации, и, соответственно, Ваше право будет нарушено, то можно будет расторгнуть договор.

Больше притензий нет, но продавец предлает за свой счет провести экспертизу, как бы?

получайте в ГИБДД письменый отказ в постановке авто на учет, пишите претензию продавцу о расторжении договора. Да, в ГИБДД дадут напрвление на экспертизу, но вы можете ее и не проходить, а расторгнуть договор КП, и потребовать возврата денег

Долго придётся судиться с продавцом?