Надо ли оплачивать штраф за неуплату транспортного налога за 2011 год, если по закону освобождаются граждане с автомобилями до 100 л.с. и есть квитанции за 2010 год?

Если Вам пришел штраф за неуплату, то Вам надлежит заплатить налог и пени (сумму уточните в налоговой), а также уплатить штраф. Если Вы не согласны со штрафом или его размерами Вы можете обжаловать в течении предложенного срока.

В Вашем вопросе недостаточно информации, но сообщаю Вам, что освобождение от обязанности уплачивать транспортный налог на легковые автомобили до 100 л.с. распространяется не на все категории физических лиц в силу ст.358 НК РФ

Налоговый кодекс РФ

Статья 358. Объект налогообложения

1. Объектом налогообложения признаются автомобили, мотоциклы, мотороллеры, автобусы и другие самоходные машины и механизмы на пневматическом и гусеничном ходу, самолеты, вертолеты, теплоходы, яхты, парусные суда, катера, снегоходы, мотосани, моторные лодки, гидроциклы, несамоходные (буксируемые суда) и "другие" водные и воздушные транспортные средства (далее в настоящей главе - транспортные средства), зарегистрированные в установленном "порядке" в соответствии с законодательством Российской Федерации.

2. Не являются объектом налогообложения:

...

2) автомобили легковые, специально оборудованные для использования инвалидами, а также автомобили легковые с мощностью двигателя до 100 лошадиных сил (до 73,55 кВт), "полученные (приобретенные)" через органы социальной защиты населения в установленном законом порядке...