Трудовой договор в микрофинансовой организации не соответствует действительности - последствия и возможные решения

Я работала в микрофинансовой организации с мая месяца этого года. Работала по трудовому договору. Но договор не соответствует действительности работы. Как мне объяснил главбух, это типовой договор (ну там прописано 5 дневная раб. неделя, 8 часовой раб. день - а на самом деле график 2/2 и с 9-18 ч.) Однако моя трудовая книжка была у работодателя. Зарплата была двойная, т.е. для меня одна, а по налоговой проходила другая. Ну в общем, куча нарушений со стороны трудового кодекса. Со мной работала девушка на тех же условиях. Девушку уволили, но по ее ошибке. 16 августа 2013 г. И в этот же день пришла другаят женщина, Эта женщина работает без трудовой, Начальник безопасности также неофициально трудоустроен. Стали пропадать документы кассовые и договора. Эти документы хотят повесить на меня. Я написала по собственному желанию. Начальник сказал, что не подпишет и не выплатит расчетные, пока не сойдется касса. Однако сказал положить ключи от офиса на стол. Я положила заявление и ключи и ушла. Больше с ними не контактировала. 17-го числа направила им письмо с уведомлением чтобы прислали трудовую на дом. а расчет перевели на карточку. До сегодняшнего дня - тишина. Боюсь, что могут навешать на меня документы. Т.к. документы неизвестно когда пропали, а те 2-е сотрудников (начальник службы безопасности и сменщица - родственники и давно пытались меня заставить уволиться - зачем-то им это нужно было). Тем более они неофициально трудоустроены. Какие могут быть последствия для меня и какие для работодателя? Очень переживаю за те документы. Можно ли как-то решить ситуацию, чтобы мне получить мою трудовую ьез всяких судов? Буду очень благодарна за ответ.