А так как я плачу алименты, с меня удержали 25% от заработной платы включая возврат подоходного налога за покупку квартиры.

Как видно из вопроса, Вы подали заявление в налоговый орган о предоставлении вычета у работодателя. В этом случае с суммы заработной платы перестает удерживаться налог на доходы физических лиц (пункт 3 статьи 220 НК РФ). Таким образом, получив уведомление из налогового органа, работодатель перестал удерживать сумму НДФЛ. Согласно пункту 1 Перечня видов заработной платы и иного дохода, из которых производится удержание алиментов на несовершеннолетних детей, утв. Постановлением Правительства Российской Федерации от 18 июля 1996 г. № 841, алименты удерживаются с суммы зарплаты. Поэтому алименты удержали со всей суммы зарплаты, всё правильно.

Ранее алименты с Вас удерживали в другом порядке, поскольку согласно пункту 4 указанного Перечня взыскание алиментов с сумм заработной платы и иного дохода, причитающихся лицу, уплачивающему алименты, производится после удержания (уплаты) из этой заработной платы и иного дохода налогов в соответствии с налоговым законодательством.

В следующем году поступайте по другому. Подавайте заявление в налоговый орган о том, чтобы возврат НДФЛ Вам производил не работодатель, а сам налоговый орган. Тогда с возвращаемых сумм алименты удерживаться не должны, поскольку эти суммы не включены в указанный выше Перечень.

С уважением,