Возможно ли подать заявление о признании собственником транспортного средства в гражданский суд в ходе уголовного дела по статье 159 часть 2?

Да, можете подать согласно ГПК РФ

В рамках уголовного дела суд вынесет решение только по ущербу который причинен виновным,о признании права собственности нужно подавать в суд общей юрисдикции по месту проживания или нахождения ответчика

В соответствии с пунктом 2 ст. 1 Гражданского кодекса РФ, граждане (физические лица) и юридические лица приобретают и осуществляют свои гражданские права своей волей и в своем интересе. Они свободны в установлении своих прав и обязанностей на основе договора и в определении любых не противоречащих законодательству условий договора.

Гражданские права могут быть ограничены на основании федерального закона и только в той мере, в какой это необходимо в целях защиты основ конституционного строя, нравственности, здоровья, прав и законных интересов других лиц, обеспечения обороны страны и безопасности государства.

В соответствии со ст. 8 Гражданского кодекса РФ, гражданские права и обязанности возникают из оснований, предусмотренных законом и иными правовыми актами, а также из действий граждан и юридических лиц, которые хотя и не предусмотрены законом или такими актами, но в силу общих начал и смысла гражданского законодательства порождают гражданские права и обязанности.

В соответствии с этим гражданские права и обязанности возникают, в том числе: из судебного решения, установившего гражданские права и обязанности.

Согласно пунктам 1 – 2 ст. 3 ГПК РФ, заинтересованное лицо вправе в порядке, установленном законодательством о гражданском судопроизводстве, обратиться в суд за защитой нарушенных либо оспариваемых прав, свобод или законных интересов, в том числе с требованием о присуждении ему компенсации за нарушение права на судопроизводство в разумный срок или права на исполнение судебного постановления в разумный срок.

Отказ от права на обращение в суд недействителен.

Соответственно, в Вашей ситуации Вы вправе защищать свои нарушенные права, в том числе способом обращения в суд за зашитой нарушенного либо оспариваемого права, свобод или законных интересов.

Вы можете подать исковое заявление в рамках признания вас потерпевшим по делу и в размерах причиненного вам материального ущерба. Но никто не вправе отказать вам подать иск в суд в рамках гражданского судопроизводства.