Как защитить свои права на муниципальную квартиру и избежать заселения неизвестного родственника?

Если он зарегистрирован в квартире, вы не можете его не пустить. Его вселит суд.

Здравствуйте! Вам нужно лишать его права пользования в судебном порядке. Подавать иск о признании права пользования не приобретшим и снятии с регистрационного учёта. При этом до момента вынесения решения суда ни в коем случае нельзя: 1. пускать его в квартиру и позволять оставить личные вещи. 2. Каким-либо образом препятствовать его заселению. Всё должно выглядеть таким образом, что он добровольно всю жизнь проживает в другом месте и никогда не претендовал на то, чтобы проживать у вас. Если он заселится или у него будут доказательства того, что он выражал такое намерение, но не смог заселиться из-за того, что Вы ему препятствовали, то выселить его уже не удастся.

Вот как раз в результате таких ваших действий он и заявит что вы чините ему препятствия во вселении и подаст в суд.

Вы слишком поздно "спохватились". Нужно было еще два года назад обратиться с иском в суд о признании его утратившим либо не приобретшим права пользования жилым помещением со снятием с регистрационного учета. Если он опередит Вас и обратится с иском о вселении, то Скорее всего иск удовлетворят. Срочно обращайтесь на очную консультацию для определения судебной перспективы, возможно, еще что-то можно сделать.