Как сняться с учета после медкомиссии и встать на учет в другом регионе, если годность временно не годен и ожидается повестка в армию?

Да, можете. Но необходимо соблюсти ряд требований.

Так согласно, п. 51 Правительства РФ от 27.11.2006 N 719 (ред. от 22.03.2012, с изм. от 31.07.2013) "Об утверждении Положения о воинском учете" граждане, подлежащие призыву на военную службу и выезжающие в период проведения призыва на срок более 3 месяцев с места жительства, обязаны лично сообщить об этом в военный комиссариат или иной орган, осуществляющий воинский учет, по месту жительства.

Согласно ст. 10 ФЗ от 28.03.1998 N 53-ФЗ (ред. от 25.11.2013) "О воинской обязанности и военной службе" в целях обеспечения воинского учета граждане обязаны: явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию.

Реально нет, так как сразу после медицинского обследования Вам будет выставлена итоговая категория годности и выдана повестка на призывную комиссию, которая может быть в один день с медицинским освидетельствованием. По результату медицинского освидетельствования Вы будете либо призваны, либо освобождены.