Существуют ли какие-нибудь временные ограничения на эту льготу (говорят, что она действует в течение трех лет)?

В Вашем случае есть два варианта: воспользоваться льготой по подоходному налогу в соответствии с Законом РФ "О подоходном налоге с физических лиц" или получить имущественный вычет в соответствии со ст.220 НК РФ, вступающего в действие с 01.01.2001 года. Ст. 220 НК РФ предпочтительнее в том плане, что она предусматривает льготу в размере полной стоимости квартиры, но не более 600000 руб. + % по кредитам банка, если бралась ссуда на приобретение квартиры. Действие этой льготы распространяется на столько налоговых периодов (лет), сколько потребуется, чтобы её выбрать, т.е. не ограничена по времени. Но есть один недостаток - получить этот вычет Вы сможете лишь с доходов 2001 года при заполнении в налоговой инспекции декларации за этот год, т.е. не ранее 2002 года. В настоящий момент Вы можете воспользоваться льготой по подоходному налогу, предоставляемой Законом РФ "О подоходном налоге с физических лиц". Эта льгота могла быть Вам предоставлена бухгалтерией по основному месту работы, но,как видно из Вашего вопроса, Вы ей не воспользовались. Это можно исправить, обратившись в налоговую инспекцию по месту жительства и заполнив декларации за период, который прошел с момента регистрации Вашего права собственности на квартиру (Декларацию для возврата излишне уплаченного подоходного налога за 1999г. можно заполнить сейчас, а за 2000 год - после его окончания). Однако, в соответствии с этим Законом льгота предоставляется в размере не более 5000 МРОТ (5000х83,49 рублей), устанавливаемом за трехлетний период + % по кредитам банка, но эти суммы не могут превышать размер Вашего совокупного годового дохода. По общему правилу вступления в действие Законов, Вы можете начать получать льготу по старому Закону, а затем продолжить её получение уже по вступившему в действие НК РФ, если к тому моменту она не будет выбрана Вами полностью, и если не будут введены какие - либо ограничения или изменения в применении этих норм.