Как вернуть госпошлину после сгоревшей по налогам задолженности - варианты действий

Помогите, пожалуйста, разрешить такой вопрос. В первых числах февраля подали документы на продление лицензии на торговлю алкоголем (срок действия предыдущей заканчивается 1 марта сего года), заплатили госпошлину. Департамент, выдающий лицензии, сразу предупредил, что если есть какая-то задолженность по налогам, то госпошлина сгорит. Скажите, насколько правомерно вообще такое действие? В каком законодательном или нормативном акте это право закреплено? Далее наш сценарий не очень хороший. Нам позвонили из департамента и по телефону сообщили, что наша госпошлина сгорела на основании сведений, полученных из налоговой. Они запрашивают их в электронной форме и в электронной форме получают ответ. Документы мы подали 6 февраля. Госпошлина оплачена 5-го 10-го они делали запрос. 11-го позвонили с сообщением о сгоревшей пошлине.

Выяснилось, что на начало февраля налоговая вывесила нам пени в размере 11 копеек, которые вылезли после сдачи бухгалтером годового баланса. Оказывается, в прошлом году по земельному налогу прошла просрочка платежа (по вине бухгалтера) — вместо мая налог оплачен в июне. Несмотря на то, что по данной статье была переплата, она сгорела и появились пени. В налоговой сегодня мы долго выясняли и выяснили, что все это правомерно начислено. Но что теперь нам делать? Плюнуть и растереть? Вообще-то бухгалтер обязана была перед проведением платежа сто раз проверить, чего она не сделала, хотя о последствиях знала. Как теперь возвращать эти деньги? Возможно ли попросить департамент провести повторный запрос о наличии задолженности? (разумеется, мы ее сразу же оплатили). Или, например, написать заявление об отказе в продлении лицензии, то есть якобы мы в данной услуге не нуждаемся? В таком случае нам могут вернуть деньги? Либо наказать приказом директора бухгалтера, которая не потрудилась вовремя оплатить налоги и проверить отсутствие задолженности перед проведением платежа? Что лучше сделать в нашем случае? Какие возможны варианты действий?

С уважением, Сергей.