Если да, то в каком порядке: отдельно представителями работников и представителями работодателей?

Процедура законодательно не устанавливается. Все решается на уровне самой комиссии. Поэтому просто выберите из предлагаемых вариантов наиболее, с Вашей точки зрения, приемлемый, и предложите его на рассмотрение. Учитывая, что каких-либо привилегий или преимуществ при голосовании председатель, его заместитель и секретарь не имеют, принципиально без разницы, представителями какой из сторон они будут.

Статья 384 ТК Образование комиссий по трудовым спорам

Комиссии по трудовым спорам образуются по инициативе работников (представительного органа работников) и (или) работодателя (организации, индивидуального предпринимателя) из равного числа представителей работников и работодателя. Работодатель и представительный орган работников, получившие предложение в письменной форме о создании комиссии по трудовым спорам, обязаны в десятидневный срок направить в комиссию своих представителей.

Представители работодателя в комиссию по трудовым спорам назначаются руководителем организации, работодателем - индивидуальным предпринимателем. Представители работников в комиссию по трудовым спорам избираются общим собранием (конференцией) работников или делегируются представительным органом работников с последующим утверждением на общем собрании (конференции) работников.

По решению общего собрания работников комиссии по трудовым спорам могут быть образованы в структурных подразделениях организации. Эти комиссии образуются и действуют на тех же основаниях, что и комиссии по трудовым спорам организации. В комиссиях по трудовым спорам структурных подразделений организаций могут рассматриваться индивидуальные трудовые споры в пределах полномочий этих подразделений.

Комиссия по трудовым спорам имеет свою печать. Организационно-техническое обеспечение деятельности комиссии по трудовым спорам осуществляется работодателем.

Комиссия по трудовым спорам избирает из своего состава председателя, заместителя председателя и секретаря комиссии.