Требуется медосмотр в военкомате для прописки по новому паспорту - что делать?

Это два не взаимозависимых требования.Тем что вас не регистрируют по месту проживания нарушают ваши права и вам придется еще оплатить штраф потом если в теч. 7 дней не зарегистрируетесь.Вызывать в военкомат должны повесткой.

Здравствуйте! Требование незаконно.

Вам необходимо требовать выдачи паспорта, лучше обращайтесь письменно.

Полномочия ФМС, связанные с воинским учётом, определены в Инструкции

об организации взаимодействия военных комиссариатов, органов внутренних дел и территориальных органов Федеральной миграционной службы в работе по обеспечению исполнения гражданами Российской Федерации воинской обязанности.

6. Территориальные органы ФМС России:

а) при выдаче и замене паспортов производят в них отметку об отношении к воинской обязанности граждан при предоставлении ими документов воинского учета (удостоверения гражданина, подлежащего призыву на военную службу; военного билета солдата (матроса), сержанта (старшины), прапорщика (мичмана); военного билета офицера запаса; временного удостоверения, выданного взамен военного билета);

б) при обращении граждан в территориальные органы ФМС России для регистрации по месту жительства (учета по месту пребывания на срок более трех месяцев), снятия с регистрационного учета по месту жительства (снятия с учета по месту пребывания) проверяют наличие в паспортах отметок об отношении их к воинской обязанности, информируют граждан, не состоящих, но обязанных состоять на воинском учете, об их обязанности состоять на воинском учете по месту жительства (месту пребывания на срок более трех месяцев);

в) при отсутствии в паспорте гражданина, не состоящего, но обязанного состоять на воинском учете, отметки об отношении к воинской обязанности и отсутствии в документах воинского учета (отсутствии возможности (или отказе) представить документы воинского учета) отметок соответствующих военных комиссариатов о приеме на воинский учет, вручают гражданину направление для постановки на воинский учет в военный комиссариат по месту его жительства (по месту пребывания на срок более трех месяцев) согласно приложению N 3 к настоящей Инструкции;

г) направляют в двухнедельный срок в военные комиссариаты сведения о случаях выявления граждан, не состоящих, но обязанных состоять на воинском учете, а также сведения о лицах, приобретших гражданство Российской Федерации и подлежащих постановке на воинский учет, согласно приложению N 4 к настоящей Инструкции.