Будет ли договор считаться заключённым, законно ли будет его исполнение?

Как поступить в следующей ситуации: Был выигран тендер. Нашей компании как победителю был предложен типовой проект Договора. Некоторые его условия очень суровы по отношению к нам. Наш вариант контракта был отвергнут, так как типовая форма у заказчика (очень крупная компания-монополист) не меняется, но было сказано, что мы можем прислать Протокол разногласий к Договору, они его рассмотрят и так же было озвучено предложение чтобы мы сначала подписали договор.

Чтобы себя подстраховать мы хотим ввести в Договор такую фразу:

"Настоящий Договор действителен с учетом Протокола разногласий (Приложение №__) являющийся неотъемлемой частью настоящего Договора."

В связи с вышеизложенным хотел бы Вас спросить:

1. Что будет, если договор будет подписан с такой фразой обеими сторонами, а протокол не будет одной из Сторон (например Заказчиком) подписан. Будет ли договор считаться заключённым, законно ли будет его исполнение?

2. Если наша компания начнёт выполнять работы по такому Договору с учётом ситуации указанной в пункте №1, Заказчик не будет возражать, часть работ возможно оплатит, а потом откажется от Договора сославшись на отсутствие Протокола разногласий и потребует назад денежные средства (если он их уплатит), или не оплатит проведённые работы, то как можно нашей компании прикрыть себя от такого шага Заказчика.

3. Посоветуйте, как грамотно поступить и каую формулировку можно прописать в контракт.

С этим вопросом обращались к многим юристам, но к сожалению, ответов не было, так как никто не сталкивался с подобной ситуацией, поэтому надеюсь на Вашу помощь.

Заранее благодарю Вас за ответы

С уважением, Дмитрий.