И какое наказание/штраф должно понести предприятие по закону?

По результатам проверки инспекция МНС должна определить налоговую базу и сравнить ее с вашими декларациями.

Если вместо этого надерганы только кассовые ордера без выделения НДС, а величина налоговой базы в целом не определена, то не доказано, что ндс по этим ордерам не учитывался вами при расчете величины налоговой базы. Доказывать нарушение должна инспекция, вы не обязаны доказывать свою невиновность. В порядке объяснения вы можете привести данные о соответствии кассовых ордеров и записей в книге продаж, а также привести записи по счету 68, субсчет НДС, в регистрах учета за дни или иные периоды, соответствующие датам кассовых ордеров.

Неуказание ндс в кассовых ордерах является нарушением правил оформления первичных учетных документов. За данное нарушение ответственность не установлена.

В соответствии со ст.120 НК РФ, под грубым нарушением правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения для целей настоящей статьи понимается отсутствие первичных документов, или отсутствие счетов-фактур, или регистров бухгалтерского учета, систематическое (два раза и более в течение календарного года) несвоевременное или неправильное отражение на счетах бухгалтерского учета и в отчетности хозяйственных операций, денежных средств, материальных ценностей, нематериальных активов и финансовых вложений налогоплательщика.

Таким образом, если ордера заполнены с нарушением, а операции по ним, включая отражение ндс, отражены в учете правильно- грубое нарушение, влекущее ответственность, отсутствует.