С какого дня должен происходить индексации остатка суммы в договоре о долевом строительстве?

С момента подписания договора - именно он создает соответствующие права и обязанности.

Цитата из постановления КС РФ - хоть это и рассматривалось в отношении договора аренды, но суть остается та же самая и в отношении любого иного договора, подлежащего государственной регистрации.

Определение Конституционного Суда РФ от 5 июля 2001 г. N 132-О

"Об отказе в принятии к рассмотрению жалобы закрытого акционерного общества "Ребау АГ" на нарушение конституционных прав и свобод пунктом 1 статьи 165 и пунктом 3# статьи 651 Гражданского кодекса Российской Федерации"

"Из этих законоположений в их взаимосвязи следует, что право лица на аренду конкретного помещения возникает в силу гражданского договора; любая сторона в договоре аренды может зарегистрировать данный договор; при этом в регистрации договора не может быть отказано, если он составлен в надлежащей форме (в письменной форме путем составления одного документа) и к нему приложены документы, перечень которых установлен законом. Таким образом, государственная регистрация договора аренды здания или сооружения, равно как и государственная регистрация права его аренды, производимые соответствующим учреждением, не могут подменять собой договор аренды как основание возникновения, изменения и прекращения права аренды, вторгаться в содержание договора".