Может ли работодатель лишить работника выходного дня при установлении ненормированного рабочего дня?

Ненормированный рабочий день не может быть согласно сменному графику. Нужно отделить мух от котлет. Согласно статье 101 ТК РФ Ненормированный рабочий день - особый режим работы, в соответствии с которым отдельные работники могут по распоряжению работодателя при необходимости эпизодически привлекаться к выполнению своих трудовых функций за пределами установленной для них продолжительности рабочего времени. Перечень должностей работников с ненормированным рабочим днем устанавливается коллективным договором, соглашениями или локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения представительного органа работников.

Как видите не по какому сменному графику ненормированный рабочий день быть не может по определению. Да и никакой продолжительности не установлено.

Режим труда работника , который должен быть указан либо в правилах внутреннего трудового распорядка , либо в трудовом договоре (Статья 57 ТК РФ), представляет из себя следующее.

Согласно статье 100 ТК РФ режим труда включает в себя продолжительность рабочей недели (пятидневная с двумя выходными днями, шестидневная с одним выходным днем, рабочая неделя с предоставлением выходных дней по скользящему графику, неполная рабочая неделя), работу с ненормированным рабочим днем для отдельных категорий работников, продолжительность ежедневной работы (смены), в том числе неполного рабочего дня (смены), время начала и окончания работы, время перерывов в работе, число смен в сутки, чередование рабочих и нерабочих дней.

В вашем соглашении ничего из вышеперечисленного нет, что является нарушением.

Соответственно составление графиков работы по своему усмотрению незаконно, даже при соблюдении нормы за учетный период. Кроме этого трудовым законодательством установлены пределы и ограничения по межсменному и еженедельному времени отдыха, обязательное наличие перерывов для отдыха и приема пищи и пр.