При увольнении по соглашению сторон, вправе ли руководитель не выплачивать, увольняемому 13 % подоходного налога?

НДФЛ в размере 13% не удерживается с выходного пособия по сокращению.А у Вас соглашение сторон.Выплаты при увольнении по соглашению сторон облагаются НДФЛ. Читайте НК РФ правильно,а не в свою пользу.

Установленное соглашением сторон выходное пособие не относится к компенсационным выплатам, установленным законоадтельством,

Статья 178 ТК РФ не относит выходное пособие установленное соглашением сторон к выходному пособию, установленному законоадтельством.

Согласно последней части статьи 178 ТК РФ сторонам трудового договора кроме случаев, предусмотренных статьей 178 ТК РФ о выплате выходных пособий в обязательном порядке, закон предоставляет возможность самим установить выходное пособие.

Конечно закон мог запретить и сказать, что только ТК РФ устанавливает выходные пособия. Но нет, он дал возможность установить и не только законом, но и сторонам договора.

Поэтому Ваше выходное пособие не относится к компенсационным выплатам, установленным законодательством.

Следовательно, в Вашем случае пункт 3 статьи 217 НК РФ не применяется и Ваше выходное пособие полностью подлежит обложению НДФЛ.

А то, что Вы говорили насчет превышения трехкратного размера, то это положение пункта 3 статьи 217 НК РФ относится только к тем выходным пособиям, которые не были установлены согласшением сторон, но размеры которых соглашением сторон были увеличены.

Посмотрите свой первый вопрос,а потом предъявляйте претензии.Вы в нем ничего не пишите о компенсации,Вы просто спрашиваете о "невыплате 13%".

Если Вы заключили с работодателем соглашение об "отступных",это совсем другой разговор.В следующий раз задавайте вопросы более корректно.