Отказано в прописке отца в Крыму из-за необходимости прохождения комиссии

"Прописать" вы его не можете потому что он не является гражданином РФ. Для того, чтобы зарегистрировать по месту жительства иностранного гражданина ему нужно иметь либо разрешение на временное проживание, либо вид на жительство. Вот для оформления этих статусов как раз и нужно проходить медицинскую комиссию.

p.s. Психолога в перечне нет (придумывать дополнительных специалистов не нужно)

Здравствуйте! Отказ незаконен. Вам нужно получить письменный отказ в регистрации отца и подать заявление на ФМС согласно Гл.25 ГПК РФ.

на территории РФ действует законодательство России, согласно которому для регистрации иностранного гражданина по месту жительства (или пребывания) требуется согласие собственника жилого помещения.

А вот для получения гражданства необходимо иметь документы, подтверждающие здоровье гражданина, его законное нахождение на территории РФ, его регистрацию по месту пребывания или по месту жительства и т.д. Обратитесь в УФМС, там все подробно узнаете.

установите первоначально проживал ли ваш отец с вами до референдума и после него, есть ли доказательства для установления факта в судебном порядке. Если нет, то вашему отцу предлагают пройти процедуру получения РВП без квоты на территории Крыма (теперь РФ), что вполне законно