Нужно ли удержать НДФЛ с выходного пособия после восстановления работника, уволенного по заключению медкомиссии?

Здравствуйте. Да, конечно нужно удержать НДФЛ.

Все суммы, которые причитаются увольняющемуся работнику (включая компенсацию за неиспользованный отпуск и выходное пособие), учитываются в расходах (п. п. 1 - 3, 8, 9, 25 ст. 255, пп. 6 п. 1, п. 2 ст. 346.16 НК РФ, Письма Минфина от 30.01.2015 N 03-03-06/1/3654, от 24.03.2014 N 03-03-06/1/12702, ФНС от 28.04.2005 N 02-3-08/93 (п. 3):

- при ОСН - на дату начисления (п. 4 ст. 272 НК РФ). Даже если вы создаете в налоговом учете резерв на оплату отпусков, компенсация за неиспользованный отпуск не уменьшает сумму этого резерва, а включается непосредственно в расходы на оплату труда (Письмо Минфина от 03.05.2012 N 03-03-06/4/29);

- при УСН - на дату выплаты работнику (пп. 1 п. 2 ст. 346.17 НК РФ).

НДФЛ. Заработная плата (включая премии и надбавки) и компенсация за неиспользованный отпуск облагаются НДФЛ в полной сумме (п. 1 ст. 210, п. 3 ст. 217, п. 2 ст. 223, п. 1 ст. 226 НК РФ). Если к моменту увольнения работника вы не удержали НДФЛ с полученного им в счет заработной платы аванса, то это надо сделать при окончательном расчете (Письмо Минфина РФ от 24.09.2009 N 03-03-06/1/610).

Выходное пособие облагается НДФЛ только в части, превышающей трехкратный размер среднего месячного заработка работника (шестикратный размер среднего месячного заработка работника, увольняющегося из организации, расположенной в районах Крайнего Севера или приравненных к ним местностях) (п. 3 ст. 217 НК РФ, Письма Минфина от 03.12.2014 N 03-04-05/61759, ФНС от 13.09.2012 N АС-4-3/15293@).