И какие невидимые подводные камни могут меня ожидать в будущем в сложившейся ситуации?

Видимых сейчас и с учетом только тех сведений, которые вы предоставили в вопросе, последствий, которые были бы отрицательными для вас (если оформите таке заявление)-не видно. Если не хотите конфликтовать, то и не конфликтуйте в этот раз- напишите такое заявление. Я бы, правда, дописал текст словами "в связи с выходом на работу постоянного работника, занимающего должность гл. бухгалтера". Но если эти слова ваши руководители посчитают неуместными- и бог с ними.

Уважаемая Евгения!

Если Ваш работодатель понимает, что совершил ляп, подписав с Вами не срочный договор, на время отпуска по уходу за ребенком основного работника, то надо исправлять именно это.

Насколько я поняла, Вы согласны вернуться на прежнюю должность и не собираетесь конфликтовать. Предложите работодателю переписать договор, который составлялся на Вас на исполнение обязанностей главного бухгалтера, как срочный договор и подпишите его задним числом. Тогда, при выходе на работу главного бухгалтера, Вас обязаны вернуть на Вашу прежнюю должность, где Вас, по идее, тоже должен был замещать человек по договору со сроком. Заявление обычно берется, если Вас должны перевести обратно не на свою должность, а на другую. Перевести Вас должны с выходом основного работника, не ранее. Две недели на раздумье здесь не нужны - Вас же не увольняют. Хотя обязаны были за три дня предупредить о выходе основного работника.