При продаже квартиры, будет ли моя доля, которая составляет более 1 миллиона рублей облагаться налогом?

Зная логику налоговой инспекции, предположу что так оно и будет. В этом случае вам придется разбираться с ними в суде.

До того как придется встретиться в суде, вы можете при подачи налоговой декларации (форма 3-НДФЛ), можете направить в адрес налоговой инспекции

ОПРЕДЕЛЕНИЕ Конституционного Суда РФ от 02.11.2006 N 444-О

"ПО ЖАЛОБЕ УПОЛНОМОЧЕННОГО ПО ПРАВАМ ЧЕЛОВЕКА В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ НА НАРУШЕНИЕ КОНСТИТУЦИОННЫХ ПРАВ ГРАЖДАНКИ АСТАХОВОЙ ИРИНЫ АЛЕКСАНДРОВНЫ ПОЛОЖЕНИЕМ ПОДПУНКТА 1 ПУНКТА 1 СТАТЬИ 220 НАЛОГОВОГО КОДЕКСА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ". В данном определении Конституционной суд РФ, четко определил и дал разъяснения, что положение подпункта 1 пункта 1 статьи 220 Налогового кодекса Российской Федерации, в соответствии с которым при продаже имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества, во взаимосвязи с положениями пункта 1 статьи 256 ГК Российской Федерации и пунктов 1 и 2 статьи 34 Семейного кодекса Российской Федерации - по своему конституционно-правовому смыслу, выявленному Конституционным Судом Российской Федерации в настоящем Определении, - не могут применяться без учета предусмотренного гражданским и семейным законодательством основания и момента возникновения права собственности на соответствующее имущество налогоплательщика при определении периода, в течение которого отчужденное налогоплательщиком имущество находилось в его собственности.

Возможно, что прочитав это определение Конституционного суда РФ, налоговая инспекция не будет предъявлять требование по уплате подоходного налога от продажи недвижимости.

Удачи вам.