Доход полученный по трудовому соглашению включали в среднюю заработную плату и расчитывали отпуск.

Судя по тексту вопроса, работу по трудовому соглашению следует расценивать как совместительство. Учитывая это, следует считать, что учет доходов и расчеты по отпускам следовало делать отдельно - по основной должности и по совместительству. Но, опять же по тексту вопроса, похоже, считалось выполнение этой работы совмещением. В таком случае, в соответствии со ст. 138 ТК РФ, ограничивающей возможность взыскания с работника излишне уплаченных сумм, взыскание невозможно, так как это не относится к счетной ошибке, а связано с неправильным применением законов.

ТК РФ.

" Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы

Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:

для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155) или простое (часть третья статьи 157);

при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, указанным в пунктах 1, 2, подпункте "а" пункта 3 и пункте 4 статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.

В случаях, предусмотренных абзацами вторым, третьим и четвертым части второй настоящей статьи, работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.

Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении законов или иных нормативных правовых актов), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:

счетной ошибки;

если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155) или простое (часть третья статьи 157);

если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом".