Возможен ли выкуп доли у моей мамы в трехкомнатной квартире на условиях, что она фактически живет в другом месте, и использовать средства МСК?

Если купите долю мамы, и квартира будет полностью в собственности вашей семьи, тогда можно.

Согласно Постановлению ПРавительства РФ 862:

5. Лицо, получившее сертификат, указывает в заявлении вид расходов, на которые направляются средства (часть средств) материнского (семейного) капитала для улучшения жилищных условий, а также размер указанных средств. В случае направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на приобретение, строительство жилого помещения, а также на строительство или реконструкцию объекта индивидуального жилищного строительства без привлечения строительной организации, осуществляемые супругом лица, получившего сертификат, такое обстоятельство указывается в заявлении.

(в ред. Постановления Правительства РФ от 27.11.2010 N 937)

6. Заявление подается в письменной форме с предъявлением следующих документов:

а) утратил силу. - Постановление Правительства РФ от 30.01.2015 N 77;

б) основной документ, удостоверяющий личность лица, получившего сертификат, и его регистрацию по месту жительства либо по месту пребывания;

в) основной документ, удостоверяющий личность представителя, и нотариально удостоверенная доверенность, подтверждающая его полномочия, - в случае подачи заявления через представителя;

г) основной документ, удостоверяющий личность супруга лица, получившего сертификат, и его регистрацию по месту жительства либо по месту пребывания, - в случае если стороной сделки либо обязательств по приобретению или строительству жилья является супруг лица, получившего сертификат, либо если строительство или реконструкция объекта индивидуального жилищного строительства осуществляются супругом лица, получившего сертификат;

(в ред. Постановления Правительства РФ от 27.11.2010 N 937)

д) свидетельство о браке - в случае если стороной сделки либо обязательств по приобретению или строительству жилья является супруг лица, получившего сертификат, либо если строительство или реконструкция объекта индивидуального жилищного строительства осуществляются супругом лица, получившего сертификат.

Да, заявленеи подаете в ПФР по месту вашего жительства.