Если - нет, то можно ли обжаловать само это судебное заседание на предмет признания его недействительным?

В вашем случае очень не стандартная ситуация. С одной стороны Вы нарушили порядок ст. 231 по этому под сомнением рассматривать ли ваши замечания суду апелляционной инстанции. С другой стороны судья вынесла определение относительно замечаний не адресованных ей непосредственно. Судья вынесла определение относительно замечаний указанных в апелляционной жалобе, то есть воспользовалась правом суда апелляционной инстанции, которого у нее нет. Да еще и сроки пропустила. И по этому это определение не должно учитываться апелляцией. Как поступить суду апелляционной инстанции в этом случае? Тем более, что закон не предусматривает этот момент и в практике таких случаев нет, по крайней мере я не нашел. Хотя в практике есть упоминание о том, что замечания относительно протокола судебного заседания не смотря на нарушения заявителем ст. 231 и ст. 232 ГПК РФ все равно должны быть рассмотрены судом (Определение Конституционного Суда РФ от 18 декабря 2007 г. N 836-О-О "Об отказе в принятии к рассмотрению жалобы гражданки Князевой Тамары Алексеевны на нарушение ее конституционных прав положениями статей 228, 232, 366, 381 и 387 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации"). Но рассматривать то рассматривать, а делать ли выводы? Вот в чем вопрос.

Теперь отвечу по существу поставленных вопросов. Мировой судья рассмотрел жалобу на протокол с нарушением сроков предусмотренных п. 2 ст. 232 ГПК РФ. Но тем не менее и к сожалению определение этого судебного заседания обжаловать нельзя так как такое обжалование не предусмотрено ГПК РФ, да и в практике есть об этом упоминание (Определение Конституционного Суда РФ от 15 ноября 2007 г. N 791-О-О "Об отказе в принятии к рассмотрению жалобы гражданки Новожиловой Ольги Васильевны на нарушение ее конституционных прав статьей 232 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации"). В процессе суда апелляционной инстанции вы можете подать дополнение к апелляционной жалобе указав с какими нарушениями судья первой инстанции вынесла определение на жалобу относительно протокола.