Какие права у гражданина РФ, чья супруга гражданка Казахстана, на нахождение в России?

Суть дела такова: я гражданин РФ, моя супруга гражданка Казахстана. В браке мы менее года. Она студентка казахского ВУЗа, и видимся мы только на её каникулах, либо в праздничные дни. На сколько нам было известно, она имела право, находится на территории РФ не более 90 суток, потом могла пересекать границу с Казахстаном, и возвращаться в РФ еще на 90 суток. Приехав в крайний раз ко мне, в июне данного года, она не брала на границе миграционную карту, так как планировала провести в РФ, не более 30-ти суток, но в связи с изменениями наших планов, а конкретно мы перенесли свадебное путешествие на август, мы пошли в миграционную службу г. Барнаула, с целью получения миграционной карты и временной регистрации моей жены на территории РФ. Там, сотрудник миграционной службы, открыв паспорт моей супруги, на странице со штампами пограничников, начал считать все дни, проведенные ей в РФ, с начала 2016 года, закончив подсчет, он сказал, что ей разрешено находится в РФ, 18 суток, а потом она обязана выехать на территорию республики Казахстан ровно на 90 суток. Мы с женой никогда не сталкивались с подобным законом, как нам быть? Какие у нас есть права? Есть ли возможность продлить срок её пребывания в РФ? Спасибо заранее! Нам нужна помощь, свадебное путешествие на грани срыва.