Недоплаченная арендная плата и спорная ситуация с арендаторами - возможность доказать правоту позиции в Акте?

У нас сложилась такая ситуации: была проведена проверка МУП, в ходе которой обнаружено что в сентябре 2015 года данным МУП были заключены два договора с арендаторами на аренду помещений сроком на 5 лет. Договора подписаны обеими сторонами, срок аренды проставлен с 07.09.2015 по 2020 год, к договору есть приложение с расчетом арендной платы за период с 07.09.2015 по 31.12.2015 (так же подписанный обеими сторонами). Однако, положенную регистрацию в Рег. палате договора не прошли, окончательный отказ датирован 10.03.2016. По условиям договоров арендаторы должны были освободить помещения в течение 14 дней после этой даты. Тем не менее, на момент проверки (конец июля - начало августа 2016 года) помещения арендаторами были еще заняты. В устных объяснениях директор предприятия-арендодателя объяснял, что не мог их выгнать, т.к. арендаторами в тех помещениях был уже сделан ремонт за свой счет и, к тому же, он не хотел их потерять в будущем. Стоит отметить, что за весь период с сентября 2015 года по настоящий момент арендаторам не выставлялись счета, акты выполненных работ, и, соответственно, оплата аренды также не производилась. В нашем Акте мы указали на этот факт и рассчитали недополученный доход, и, как следствие, денежную сумму, недоплаченную МУП в бюджет города по итогам 2015 года. Но после получения Акта, проверяемый нами МУП предоставил нам гарантийные письма от арендаторов (без номера, зарегистрированные от 01.07.2016) о том, что они просят МУП пустить их в указанные в Акте помещения с 01 июля 2016 и гарантируют оплату после факта заключения договора. Таким образом опровергая, что помещения были заняты до этой даты почти год. Подскажите, пожалуйста, если у нас возможность доказать правоту позиции изложенной в Акте или после предоставления данных писем мы вынуждены будем переделать Акт?