Какой период должен был фактически учитываться комитетом имущественных отношений при начислении арендной платы по договору аренды нежилого помещения?

По данному вопросу есть разъяснения в п. 14 Постановления Пленума ВАС РФ от 17.11.2011 N 73"Об отдельных вопросах практики применения правил Гражданского кодекса Российской Федерации о договоре аренды" в случае если стороны достигли соглашения в требуемой форме по всем существенным условиям договора аренды, который в соответствии с названным положением подлежит государственной регистрации, но не был зарегистрирован, то при рассмотрении споров между ними судам надлежит исходить из следующего. Если судами будет установлено, что собственник передал имущество в пользование, а другое лицо приняло его без каких-либо замечаний, соглашение о размере платы за пользование имуществом и по иным условиям пользования было достигнуто сторонами и исполнялось ими, то в таком случае следует иметь в виду, что оно связало их обязательством, которое не может быть произвольно изменено одной из сторон (статья 310 ГК РФ), и оснований для применения судом положений статей 1102, 1105 этого Кодекса не имеется. В силу статьи 309 ГК РФ пользование имуществом должно осуществляться и оплачиваться в соответствии с принятыми на себя стороной такого соглашения обязательствами.

Таким образом, если нежилое помещение использовалось до регистрации, то стороны связали себя договором аренды.