Высчитывание почти всей заработной платы при уходе в декрет - имеют ли работодатели право на такое?

Нет, конечно, пусть обратиться с заявлением в суд о признании действий администрации незаконными - нужно успевать в срок 3 месяца - ст. 392 ТК РФ.

Нет, не имеют на это право. Обратитесь в трудовую инспекцию, прокуратуру и суд. Статья 392. Сроки обращения в суд за разрешением индивидуального трудового спора

Подготовлены "редакции" документа с изменениями, не вступившими в силу

"Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.07.2017)

Путеводитель по кадровым вопросам. Вопросы применения ст. 392 ТК РФ

""Работник имеет право обратиться "в суд" за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки.

""За разрешением индивидуального трудового спора о невыплате или неполной выплате заработной платы и других выплат, причитающихся работнику, он имеет право обратиться в суд в течение одного года со дня установленного "срока" выплаты указанных сумм, в том числе в случае невыплаты или неполной выплаты заработной платы и других выплат, причитающихся работнику при увольнении.

(часть вторая введена Федеральным законом от 03.07.2016 N 272-ФЗ)

""Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции)"

""При пропуске по уважительным причинам сроков, установленных частями первой, второй и третьей настоящей статьи, они могут быть восстановлены судом.

Без согласия работника удерживать из зарплаты ничего не имеют права, даже если имеет место недостача. Поэтому в принципе можно данные действия работодателя обжаловать в прокуратуру или трудовую инспекцию.