Двухкомнатная кооперативная квартира проживает и прописано три человека. Как делиться квартира?

Все это делится на равные доли. Т.е. не по комнатам, коридорам и кухням, а по метражу соответственно.

Также, если есть какие-то ньюансы в совместном проживании 3 человек, то одна комната, которая имеет большую площадь делят на 2.

Вы не указываете, в чьей собственности квартира, в браке ли приобреталась.

В натуре квартира не делится. Из частной квартиры нельзя сделать коммуналку, разделив ее по комнатам. Между тем согласно п.37 Постановления Пленума Верховного Суда РФ и Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 1 июля 1996 г. N 6/8 "О некоторых вопросах, связанных с применением части первой Гражданского кодекса Российской Федерации" невозможность раздела имущества, находящегося в долевой собственности, в натуре либо выдела из него доли, в том числе и в случае, указанном в части второй пункта 4 статьи 252 Кодекса, не исключает права участника общей долевой собственности заявить требование об определении порядка пользования этим имуществом, если этот порядок не установлен соглашением сторон. Разрешая такое требование, суд учитывает фактически сложившийся порядок пользования имуществом, который может точно не соответствовать долям в праве общей собственности, нуждаемость каждого из сособственников в этом имуществе и реальную возможность совместного пользования.