Как обязать компанию исправить ошибку и перевести машиноместо из нежилого помещения в машиноместо?

Думаю, что компания вам не станет помогать. Подайте сами заявление в росреестр через МФЦ о регистрации объекта в качестве машиноместа.

Регистрация же была до 01 01 2017 года, а потому никаких претензий у Вас не может быть к застройщику, а потому никаких ошибок не было.

С 1 января 2017 г. государственный кадастровый учет и государственная регистрация прав на недвижимое имущество и сделок с ним осуществляются в соответствии с Федеральным законом от 13 июля 2015 г. N 218-ФЗ "О государственной регистрации недвижимости" (далее - Закон о недвижимости), в силу статьи 1 которого машино-места являются объектами недвижимости, государственный кадастровый учет которых и государственная регистрация прав на которые осуществляются в порядке, установленном Законом о недвижимости.

Чтобы сделать машиноместо надо:

для осуществления государственного кадастрового учета и государственной регистрации прав на машино-место (машино-места), в орган регистрации прав необходимо представить соответствующее заявление и иные предусмотренные Законом о недвижимости документы, в том числе технический план машино-места (машино-мест), а также соглашение всех сособственников нежилого помещения или решение общего собрания, определяющие порядок пользования недвижимым имуществом, находящимся в общей долевой собственности либо, при отсутствии данных соглашения или решения, согласие иных участников долевой собственности на это нежилое помещение на выдел в натуре доли заявителя в праве общей долевой собственности на данное помещение.