Как закрепить юридически сделку по обмену домами для использования материнского капитала?

Не соглашайтесь. Самостоятельно обратитесь в администрацию с просьбой предоставить Вам земельный участок в аренду для ИЖС и стройте жилой дом (сами или с привлечением подрядчика). Построенный дом должны зарегистрировать в общую долевую собственность родителей и детей. Продажа или обмен такого дома возможен только с разрешения органа опеки и попечительства, т.к. долевыми собственниками будут являться несовершеннолетние.

Постановление Правительства РФ от 12.12.2007 N 862 (ред. от 25.05.2017) "О Правилах направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий":

10. В случае направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на оплату строительства объекта индивидуального жилищного строительства, выполняемого с привлечением строительной организации, лицо, получившее сертификат, одновременно с документами, указанными в пункте 6 настоящих Правил, представляет:

(в ред. Постановления Правительства РФ от 27.11.2010 N 937)

а) копию разрешения на строительство, оформленного на лицо, получившее сертификат, или супруга лица, получившего сертификат;

б) копию договора строительного подряда;

в) засвидетельствованное в установленном законодательством Российской Федерации порядке письменное обязательство лица (лиц), на которое оформлено разрешение на строительство, в течение 6 месяцев после ввода в эксплуатацию объекта индивидуального жилищного строительства оформить жилое помещение, построенное с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность лица, получившего сертификат, его супруга, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению;

г) копию документа, подтверждающего право собственности лица, получившего сертификат, или супруга лица, получившего сертификат, на земельный участок, на котором осуществляется строительство объекта индивидуального жилищного строительства, или право постоянного (бессрочного) пользования таким земельным участком, или право пожизненного наследуемого владения таким земельным участком, или право аренды такого земельного участка, или право безвозмездного пользования земельным участком, который предназначен для жилищного строительства и на котором осуществляется строительство объекта индивидуального жилищного строительства.