Как закрыть уголовное дело по ст.158 часть 3 если все выплачено потерпевшему и он не имеет претензий.

Никак не закрыть. Только прекращение в суде в связи с примерением. Это так наз. НЕ реабилитирующие основания.

Прекращение уголовных дел в связи с примирением сторон допускается по уголовным делам небольшой и средней тяжести. В данном случае преступление тяжкое.

Здравствуйте Александр! Прекращение уголовного дела в связи с примирением сторон возможно до передачи дела в суд и в суде на основании заявления потерпевшего или его законного представителя в порядке и на условиях, установленных законом (отсутствие судимости, отсутствие отягчающих обстоятельств, заглажен причиненный вред материальный и моральный).

"Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации" от 18.12.2001 N 174-ФЗ (ред. от 01.04.2019, с изм. от 17.04.2019)

(с изм. и доп., вступ. В силу с 12.04.2019)

Статья 25. Прекращение уголовного дела в связи с примирением сторон

(в ред. Федерального закона от 05.06.2007 N 87-ФЗ)

Суд, а также следователь с согласия руководителя следственного органа или дознаватель с согласия прокурора вправе на основании заявления потерпевшего или его законного представителя прекратить уголовное дело в отношении лица, подозреваемого или обвиняемого в совершении преступления небольшой или средней тяжести, в случаях, предусмотренных статьей 76 Уголовного кодекса Российской Федерации, если это лицо примирилось с потерпевшим и загладило причиненный ему вред.