Куда обратиться, если в трудовой книжке не сделали запись об увольнении с срочной службы?

Никуда. Запись о периоде службы - делается работодателем.

Постановление Правительства РФ от 16.04.2003 N 225 (ред. от 25.03.2013) "О трудовых книжках" (вместе с "Правилами ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей")

21. В трудовую книжку по месту работы также вносится с указанием соответствующих документов запись:

а) о времени военной службы в соответствии с Федеральным законом "О воинской обязанности и военной службе", а также о времени службы в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, органах налоговой полиции, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ и таможенных органах;

(пп. "а" в ред. Постановления Правительства РФ от 19.05.2008 N 373)

В военный суд или к военному прокурору о понуждении внесения записи в трудовую...

Здравствуйте, ведение трудовых книжек на военнослужащих действующим законодательством не предусмотрено, а поэтому запись о прохождении военной службы Вашим сыном в трудовую книжку обязан внести новый работодатель на основании документов воинского учёта.