Учредитель с долей в 25% может быть занесен в черный список Налоговой?

Нет, не имеет, условие о доле в 50 и более процентов-обязательное.

Федеральный закон от 08.08.2001 N 129-ФЗ (ред. от 26.11.2019) "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей".

Статья 23. Отказ в государственной регистрации

1. Отказ в государственной регистрации допускается в случае:

ф) если в регистрирующий орган представлены документы для включения сведений об учредителе (участнике) юридического лица либо о лице, имеющем право без доверенности действовать от имени юридического лица, в отношении одного из следующих лиц:

владевших на момент исключения общества с ограниченной ответственностью из единого государственного реестра юридических лиц как недействующего юридического лица не менее чем пятьюдесятью процентами голосов от общего количества голосов участников данного общества с ограниченной ответственностью, которое на момент его исключения из единого государственного реестра юридических лиц имело задолженность перед бюджетом или бюджетами бюджетной системы Российской Федерации либо в отношении которого указанная задолженность была признана безнадежной к взысканию в связи с наличием признаков недействующего юридического лица, при условии, что на момент представления документов в регистрирующий орган не истекли три года с момента исключения данного общества с ограниченной ответственностью из единого государственного реестра юридических лиц;