Подрядчик подал иск в Арбитражный суд на Заказчика - можно ли уступить право взыскания долга по договору?

Ограничений законом в Вашем случае не установлено, однако договор (контракт) может предусматривать запрет на уступку права требования.

Согласно ст.388 ГК РФ уступка требования кредитором (цедентом) другому лицу (цессионарию) допускается, если она не противоречит закону. Не допускается без согласия должника уступка требования по обязательству, в котором личность кредитора имеет существенное значение для должника.. Соглашение между должником и кредитором об ограничении или о запрете уступки требования по денежному обязательству не лишает силы такую уступку и не может служить основанием для расторжения договора, из которого возникло это требование, но кредитор (цедент) не освобождается от ответственности перед должником за данное нарушение соглашения. Право на получение неденежного исполнения может быть уступлено без согласия должника, если уступка не делает исполнение его обязательства значительно более обременительным для него.

Соглашением между должником и цедентом может быть запрещена или ограничена уступка права на получение неденежного исполнения.

Если договором был предусмотрен запрет уступки права на получение неденежного исполнения, соглашение об уступке может быть признано недействительным по иску должника только в случае, когда доказано, что другая сторона соглашения знала или должна была знать об указанном запрете.