Проблема возбуждения дела об административном правонарушении в отношении физического и юридического лица - как соотнести статьи КоАП РФ?

Никто не может нести административную ответственность дважды за одно и то же административное правонарушение.

а кто привлекается дважды?

Физическое лицо или юридическое лицо.

Нет, они не взаимоисключают друг друга, т.к. последняя фраза подразумевает что если вас привлекли по ст. 12.8 КоАП за это же правонарушение вы не можете быть привлечены снова, только по другому событию. Привлечение одновременно юр и физ лица за одно правонарушение не исключают друг друга, т.к. это разные лица, а кроме того эти правонарушения вытекают друг из друга как правило.

А могло ли физическое лицо быть привлеченным за указанное правонарушение? Если это работник организации, то нужно смотреть должностную инструкцию мог ли он нести административную ответственность и мог ли вообще он выполнять эти работы, совершать действия?

Нет, они не взаимоисключают друг друга, поскольку дважды нельзя привлечь за одно и то же правонарушение одно лицо (это может быть и физическое, и юридическое лицо). Что касается вашей ситуации конкретно, то прекратить дело в отношении физ. лица можно лишь в том случае, если для этого есть законные основания (это могут быть разные основания, например, смерть физического лица, а не только отсутствие в действиях лица состава правонарушение). Поэтому, что делать конкретно, можно сказать только вникнув в сущность вашего дела, а вы об этом ничего не написали.

Ольга Дмитриевна, т.е. установка прекратить производство в отношении физического лица неоправдана? И можно ли всё-таки прекратить производство в отношении физического лица в виду отсутсвия состава административного правонарушения?

Елена Петровна, физическое лицо не работник организации, его просто попросили за оплату провести работы, без заключения каких-либо договоров.