На каком основании администрация школы может убрать третий урок физической культуры (пятидневка)?

Нет оснований - это предусмотрено на уровне федерации, изменять можно лишь содержание самого урока.

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО

от 8 октября 2010 г. N ИК-1494/19

О ВВЕДЕНИИ ТРЕТЬЕГО ЧАСА ФИЗИЧЕСКОЙ КУЛЬТУРЫ

Минобрнауки России направляет для использования в работе Приказ Министерства образования и науки Российской Федерации от 30 августа 2010 г. N 889 "О внесении изменений в федеральный базисный учебный план и примерные учебные планы для образовательных учреждений Российской Федерации, реализующих программы общего образования, утвержденные Приказом Министерства образования Российской Федерации от 9 марта 2004 г. N 1312 "Об утверждении федерального базисного учебного плана и примерных учебных планов для образовательных учреждений Российской Федерации, реализующих программы общего образования" и методические рекомендации о введении третьего часа физической культуры в недельный объем учебной нагрузки обучающихся общеобразовательных учреждений Российской Федерации.

МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

О ВВЕДЕНИИ ТРЕТЬЕГО ЧАСА ФИЗИЧЕСКОЙ КУЛЬТУРЫ В НЕДЕЛЬНЫЙ

ОБЪЕМ УЧЕБНОЙ НАГРУЗКИ ОБУЧАЮЩИХСЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНЫХ

УЧРЕЖДЕНИЙ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Третий урок физической культуры включается в сетку расписания учебных занятий и рассматривается как обязательная форма организации учебного процесса, ориентированного на образование обучающихся в области физической культуры.

Содержание образования по физической культуре с учетом введения третьего часа определяется общеобразовательными программами, разрабатываемыми образовательными учреждениями самостоятельно на основе федерального государственного образовательного стандарта общего образования и примерных основных образовательных программ.

Только в случае, если учитель болен и его некем заменить.