Капитан с 28-летней выслугой - могут ли военнослужащих с индивидуальным жилым домом признать нуждающимися в субсидии?

Нет, не могут, так как Вы не нуждаетесь в жилом помещении.

Приказ Министра обороны РФ от 25.01.2016 N 20

"Об организации деятельности по предоставлению военнослужащим - гражданам Российской Федерации жилых помещений в собственность бесплатно"

(вместе с "Порядком организации деятельности по предоставлению военнослужащим - гражданам Российской Федерации жилых помещений в собственность бесплатно")

Постановление Правительства РФ от 30.10.2020 N 1768

"Об утверждении Правил признания военнослужащих - граждан Российской Федерации, проходящих военную службу по контракту, нуждающимися в жилых помещениях, формы выписки из решения о предоставлении жилого помещения, находящегося в федеральной собственности, в собственность бесплатно, формы акта приема-передачи жилого помещения и признании утратившими силу некоторых актов и отдельных положений некоторых актов Правительства Российской Федерации"

Порядок признания военнослужащих нуждающимися в улучшении жилищных условий установлен ст. 51 ЖК РФ

Все будет зависеть от состава вашей семьи (количества человек) и метража дома. Если на каждого члена семьи приходится менее учетной нормы, то могут признать нуждающимся. Но учитываться будет вся жилая площадь,-всех членов семьи (если имеется)

Если площадь дома не превышает учётную норму на каждого члена семьи, то Вы можете быть признаны нуждающимся в жилье с учётом данного жилого помещения.