Какая компенсация за покупку доли в аварийной квартире и как ее рассчитать?

Так как Вы получили вторую половину квартиры в порядке наследования, то не имеет значения факт признания права собственности после регистрации в ЕГРН. Администрация в указанном вопросе не права.

Ст. 8.2 ЖК РФ предусмотрено, что граждане, которые приобрели право собственности на жилое помещение в многоквартирном доме после признания его в установленном порядке аварийным и подлежащим сносу или реконструкции, за исключением граждан, право собственности у которых в отношении таких жилых помещений возникло в порядке наследования, имеют право на выплату возмещения за изымаемое жилое помещение.

Стоимость рассчитывается на основании ст. 32 ЭК РФ:

- При определении размера возмещения за жилое помещение в него включаются рыночная стоимость жилого помещения, рыночная стоимость общего имущества в многоквартирном доме, в том числе рыночная стоимость земельного участка, на котором расположен многоквартирный дом, с учетом его доли в праве общей собственности на такое имущество, а также все убытки, причиненные собственнику жилого помещения его изъятием, включая убытки, которые он несет в связи с изменением места проживания, временным пользованием иным жилым помещением до приобретения в собственность другого жилого помещения (в случае, если указанным в части 6 настоящей статьи соглашением не предусмотрено сохранение права пользования изымаемым жилым помещением до приобретения в собственность другого жилого помещения), переездом, поиском другого жилого помещения для приобретения права собственности на него, оформлением права собственности на другое жилое помещение, досрочным прекращением своих обязательств перед третьими лицами, в том числе упущенную выгоду.