Отказ суда в иске на взыскание задолженности по договору займа - аннулирование договора и закрытие задолженности МФО?

Нет, МФО не должна ничего закрывать, если в решении суда нет требования расторжения договора.

Нет, ничего подобного. Вы разве выплатили всю просроченную задолженность по кредиту, вместе с пенями, штрафами? Кредит закрыт? Нет? Суд отказал МФО во взыскании суммы долга В СУДЕБНОМ ПОРЯДКЕ по причине пропуска истцом срока обращения в суд. Но сам долг никто не аннулировал. Списать долг может только процедура банкротства. Кредиторы будут перепродавать Ваш долг один другому, подавать заявления в суд на вынесение судебного приказа. Если не будете вовремя отменять эти приказы, в конце концов он попадёт к приставам-исполнителям, которые безжалостно взыщут Ваш долг. И кроме того, никто не отменял внесудебный способ взыскания долга коллекторами, которые вывернут Вашу жизнь наизнанку, каждый день названивая Вам, и Вашим близким, требуя вернуть долг. Год за годом. Пока Вы не заплатите им.

А если в суде заявить о снижении процентов, пеней/штрафов и суд вынесет решение с новой суммой задолженности, то коллекторы это будут учитывать или всё-равно они будут гнуть свою сумму? Проценты не снижаются. Суд может снизить сумму пеней, штрафов. Если будет вынесено решение суда, то его будут исполнять приставы-исполнители, при чем тут коллекторы? Деньги будут списывать со счетов приставы-исполнители.