Как поступить, если в наследстве не указано всё имущество, включая нажитое в совместном браке с покойным недвижимости?

Да пожалуйста. Указывайте нотариусу на новое имущество и получайте дополнительное свидетельство на наследство.

В данном случае подавать в суд.

Имущество, оформленное на имя пережившей супруги, может быть включено в наследство только с её согласия. Если согласия нет, то наследники могут обратиться в суд и решением суда совместно нажитое имущество будет включено в состав наследства.

Обращаться в суд для включения имущества в наследство.

Если Вы имеете ввиду, что в свидетельстве о праве на наследство, то это не страшно. Согласно п.2 ст. 1152 ГК РФ, принятие наследником части наследства означает принятие всего причитающегося ему наследства, в чем бы оно ни заключалось и где бы оно ни находилось. А согласно ст. 1162, в случае выявления после выдачи свидетельства о праве на наследство наследственного имущества, на которое такое свидетельство не было выдано, выдается дополнительное свидетельство о праве на наследство т.е. обращайтесь к нотариусу за дополнительным свидетельством на квартиру (но это в случае если квартира про которую идёт речь, была оформлена на наследодателя или у него уже была выделена доля). Если же квартира оформлена была на супругу, то необходимо обращаться в суд, для выделения доли наследодателя и затем уже на получение свидетельства.