Как наказать сотрудника за вывод денег из счёта ООО на миллионы рублей - альтернативы уголовной ответственности?

Конкретизируйте, есть договор о материальной ответственности? В судебном порядке взыскание ущерба ст 15, 1064, 395 ГК РФ

Если она подписывала договор о полной материальной ответственности - при наличии доказательств можете.

В рамках гражданского производства, свобода маневра у вас очень ограничена. Срок привлечения работника к материальной ответственности составляет 1 год с момента обнаружения ущерба (ст. 392 ТК РФ). Но судя по Вашему вопросу, ущерб был причинен ранее. И тут ключевым моментом будет, когда, на каких основаниях и каким порядком проводился аудит. Попробуйте выявить и зафиксировать письменно, позицию работника по отношению к причиненному ущербу. При наличии соглашения о добровольном возмещении ущерба, по которому работник прекратил платежи, срок для обращения в суд исчисляется с момента, когда работник должен был внести платеж, но не сделал этого. Если работник идет в отказ, и не готов выплатить, либо перевести вопрос в гражданскую плоскость, тогда в уголовном порядке инициируйте 160 УК РФ или 159 УК РФ, в зависимости от обстоятельств.

Здравствуйте

В вашем случае нужно предъявить сотруднику письменную претензию, если он откажется добровольно возмещать похищенные деньги, придется обращаться в полицию и взыскивать в рамках уголовного судопроизводства, т.к. такие действия имеют признаки преступления.