На сайте ФССП задолженности всё закрыты а в приложении ФНС числятся задолженности с указанием судебного приказа как так может быть

Просто. Это значит, что взыскатель обратился с приказом не в ФССП, а напрямую в банк.

Добрый день!

Возможно, минуя приставов, ФНС обратилась сразу в банк.

Отменяйте приказ.

Вы подайте в суд, вынесший судебный приказ, заявление об отмене судебного приказа с восстановлением пропущенного срока (при необходимости) на его подачу (КАС РФ).

Почитайте мою публикацию небольшую про порядок отмены судебного приказа:

www.9111.ru

Суд вынесет определение об отмене судебного приказа, а пристав потом прекратит исполнительное производство (если оно имеется), предварительно сняв всё аресты и запреты распоряжением имуществом.

Если взыскатель предъявил этот судебный приказ к исполнению, то надо сделать следующее. Если у пристава находится на исполнении, то подавайте приставу заявление о прекращении исполнительного производства, приложив оригинал определения суда об отмене судебного приказа.

Если же у в банке находиться судебный приказ, то подавайте в банк заявление о прекращении взыскания, также приложив оригинал определения суда.

После отмены судом судебного приказа Вы можете вернуть взысканные денежные средства (в случае, если взыскатель обратился к приставам или в банк), подав в тот те же суд и в рамках того же дела заявление о повороте исполнения судебного решения (КАС РФ).

Почитайте мою публикацию небольшую про поворот исполнения судебного решения (приказа):

www.9111.ru

А чтобы самостоятельно не готовить документы (иначе можете допустить ошибку, которая приведёт к негативным последствиям) для грамотного составления документов и подробной консультации лучше обратитесь к любому юристу данного сайта в личные сообщения.