Вопрос наложения штрафа на юридическое лицо по статье 12.31 КоАП - юридическое лицо ответственно за алкогольное нарушение сотрудника?

По описанной Вами ситуации ст.12.31 КоАП РФ не должна быть применена, поскольку данной статьей предусмотрен совсем другой состав административного правонарушения:

Статья 12.31. Выпуск на линию транспортного средства, не зарегистрированного в установленном порядке, не прошедшего государственного технического осмотра или технического осмотра, с заведомо подложными государственными регистрационными знаками, имеющего неисправности, с которыми запрещена эксплуатация, с установленными без соответствующего разрешения устройствами для подачи специальных световых или звуковых сигналов либо с незаконно нанесенными специальными цветографическими схемами автомобилей оперативных служб.

Ваш работодатель мог бы быть привлечен по ст.12.32 КоАП РФ, однако в день совершения правонарушения автомобиль выбыл из пользования и владения на основании договора аренды. Если работодатель получит Постановление об АП, то обжалует его в суд.

Статья 12.32. Допуск к управлению транспортным средством водителя, находящегося в состоянии опьянения либо не имеющего права управления транспортным средством

Допуск к управлению транспортным средством водителя, находящегося в состоянии опьянения либо не имеющего права управления транспортным средством, -

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц, ответственных за техническое состояние и эксплуатацию транспортных средств, в размере двадцати тысяч рублей; на юридических лиц - ста тысяч рублей.

Примечание. За административные правонарушения, предусмотренные настоящей статьей, лица, осуществляющие предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, несут административную ответственность как юридические лица.