Изменение учета рабочего времени и начисление заработной платы без закрепления в трудовом договоре - законно ли и возможно ли отличие от других подразделений госпиталя?

Мы мед. работники военного структурного (госпиталя) гражданский персонал. Приняты на должности дежурных сестер (наша смена 12 часов-день; 12 часов-ночь три дня дома). заработная плата начислялась исходя из нормы рабочего времени за текущий месяц в соответствии с нормой часов производственного календаря за текущий месяц при 36 часовой рабочей недели. При нахождении всех мед. сестер на местах получается небольшая недоработка месячной нормы часов, которая оплачивалась за фактически отработанное время. Так как такого почти не бывает, потому что всегда один из сотрудников находится либо в отпуске либо на больничном, то в соответствии с заявлением о совместительстве за отсутствующего сотрудника, эти часы отрабатывались и оплачивались, недостающие часы доставлялись до нормы, а остальные оплачивались как совместительство. В данный момент новый главный бугалтер установил суммированный учет рабочего времени с учетным периодом год, время нахождения сотрудников в очередных отпусках не учтено. И теперь сотрудникам оплачивается зарплата из расчета среднегодовой нормы рабочего времени, а совместительство отдельно. Правомерно ли подобное изменение учета рабочего времени и соответственно начисление заработной платы, если это не закреплено в трудовом договоре. И может ли заработная плата и учет рабочего времени в отдельно взятом структурном подразделении, отличатся от других структурных подразделений (госпиталей) и от основного головного подразделения (госпиталя).